Nie wszystkie dokumenty sprzed 5 lat można zniszczyć po 1 stycznia 2021 roku. Dokumentację, która stanowi podstawę rozliczania podatku, można co do zasady zniszczyć po 5 latach, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Wiele okoliczności może jednak przyczynić się do wydłużenia okresu archiwizacji: zawarcie układu ratalnego, zajęcie majątku w toku egzekucji czy podjęcie postępowania karnego skarbowego. Należy również pamiętać, że likwidacja firmy nie zwalnia z obowiązku przechowywania dokumentacji podatkowej.
Księgi podatkowe i dokumenty związane z ich prowadzeniem trzeba przechowywać dla celów podatkowych do czasu upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Przez księgi podatkowe należy rozumieć: księgi rachunkowe, podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry, do których prowadzenia do celów podatkowych zobowiązani są podatnicy lub płatnicy.
Zobowiązanie podatkowe przedawnia się co do zasady po 5 latach, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W związku z powyższym, po zakończeniu 2020 roku będzie można zniszczyć dokumenty dotyczące podatków, których termin płatności upłynął w 2015 roku (oraz w latach wcześniejszych). Te same dokumenty mogą być wykorzystywane przy rozliczaniu różnych podatków, których terminy przedawnienia się ze sobą nie pokrywają, np. CIT i VAT. W takim przypadku okres ich archiwizacji wyznacza wówczas najdłuższy termin przedawnienia. Przykładowo, VAT za poszczególne miesiące od stycznia do listopada 2014 roku przedawnił się z upływem 2019 roku, ale dokumenty wykorzystywane przy obliczaniu tego podatku wykorzystywane są również przy obliczaniu podatku dochodowego za 2014 rok, którego przedawnienie nastąpi dopiero 1 stycznia 2021 roku.
W drodze wyjątku, niektóre dokumenty podatkowe trzeba przechowywać dłużej niż podstawowe 5 lat. Wydłużony okres archiwizacji mogą przewiadywać poszczególne ustawy. Przykładowo przedsiębiorcy, którzy korzystają z pomocy publicznej udzielonej zgodnie z ustawą o specjalnych strefach ekonomiczny, są zobowiązani przechowywać księgi podatkowe i dokumenty związane z ich prowadzeniem do czasu upływu okresu przedawnienia roszczeń dotyczących zwrotu pomocy publicznej. Roszczenia te przedawniają się po 10 latach, licząc od końca roku podatkowego, w którym skorzystano z pomocy. Podatnicy rozliczający VAT w systemie MOSS mają natomiast obowiązek przechowywać ewidencję transakcji objętych tą procedurą przez 10 lat od zakończenia roku, w którym dokonano świadczenia usług telekomunikacyjnych, nadawczych lub elektronicznych.
Okres przechowywania dokumentacji może się również wydłużyć w przypadku wydłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wydłużenie terminu może być następstwem nierozpoczęciem jego biegu, np. na wniosek podatnika podatek został rozłożony na raty, zawieszenia, np. wniesienia sprawy do sadu administracyjnego, lub przerwania, np. ogłoszenie upadłości przez podatnika. Wszystkie skutki i przyczyny wydłużenia terminu przedawnienia przewiduje art. 70-70e Ordynacji Podatkowej. (Dz. U. z 2019 roku poz. 900).
Warto również pamiętać, że zamknięcie firmy nie zwalnia podatnika z obowiązku przechowywania dokumentów, które są związane z rozliczeniami podatkowymi dotyczącymi okresu prowadzenia działalności gospodarczej.
Księgi podatkowe oraz dokumenty związane z ich prowadzeniem, a również dokumenty na podstawie, których był obliczany i pobierany podatek wykonawczy w ramach pełnienia funkcji płatnika należy przechowywać do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania, którego dotyczą. W razie likwidacji lub rozwiązania osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej podmiot dokonujący jej likwidacji lub rozwiązania ma obowiązek zawiadomić pisemnie właściwy organ podatkowy, nie później niż w ostatnim dniu istnienia tej osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej, o miejscu przechowywania ksiąg podatkowych oraz dokumentów związanych z ich prowadzeniem.
W związku z powyższym dokumentację podatkową zlikwidowanej firmy można zniszczyć dopiero po upływie obligatoryjnego okresu jej przechowywania. Nie istnieją przepisy regulujące sposób niszczenia dokumentacji dotyczącej przedawnionych zobowiązań podatkowych. Można ją zlikwidować we własnym zakresie lub zlecić to profesjonalnej firmie zajmującej się tym usługowo.